Божхона институти Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамасининг 2003 йил 22 майдаги “Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона қўмитаси органлари учун кадрлар тайёрлаш тизимини янада такомиллаштириш тўғрисида”ги 229-сон қарори асосида Божхона коллежи ҳамда Солиқ ва божхона органлари академиясининг “Божхона иши” факультети негизида ташкил этилган.

         Дастлаб мазкур институт Олий ҳарбий божхона институти номи билан фаоилят юритиб, “Божхона иши” ва “Божхона ҳуқуқи” йўналишлари бўйича мутахассис кадрлар тайёрлаш, божхона органларида хизмат қилаётган ходимларнинг малакасини ошириш ва қайта тайёрлаш ишларини амалга ошириб келган.

        Ўзбекистон Республикаси  Президентининг 2018 йил 2 ноябрдаги “Ўзбекистон Республикаси божхона органлари кадрларини тайёрлаш тизимини тубдан такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги ПҚ-3995-сон қарорига мувофиқ, Давлат божхона қўмитасининг Божхона институти этиб қайта ташкил этилган ва божхона органлари ходимларини тайёрлаш, қайта тайёрлаш ва малакасини ошириш бўйича ихтисослаштирилган олий таълим ҳамда илмий-методик муассаса сифатида белгиланган.

        Божхона институтининг асосий миссияси халқаро-иқтисодий муносабатларнинг ривожланиш тенденциялари ва мамлакат инвестициявий жозибадорлигининг ошиб боришини ҳисобга олган ҳолда мамлакат иқтисодий хавфсизлигини таъминлаш, иқтисодиётни янада ривожлантириш мақсадида  божхона органлари учун замонавий билим ва кўникмаларга эга ходимларни тайёрлаш, қайта тайёрлаш ва малакасини ошириш ҳамда соҳани ривожлантиришга оид илмий-тадқиқот изланишларини олиб боришдан иборатдир.

        Божхона институтида 2 та факультет, уларнинг таркибида 10 та кафедра ҳамда мустақил марказ, бўлим ва хизматлар фаолият кўрсатади.

Жумладан,  Божхона иши факультети таркибида қуйидаги 9 та кафедра мавжуд:

Божхона назорати;

Божхона тартибга солиниши ва божхона тўловлари;

Махсус-ҳуқуқий фанлар;

Божхона экспертизаси ва товарларни таснифлаш;

Умумҳуқуқий фанлар;

Ахборот технологиялари ва математика;

Ўзбек ва хорижий тиллар;

Ҳарбий ва жисмоний тайёргарлик;

Иқтисодий ва ижтимоий фанлар.

Қайта тайёрлаш ва малака ошириш факультети таркибида:

Махсус фанлар кафедраси;

Психологик тайёргарликни ривожлантириш маркази.

Бугунги кунда институтда “Божхона иши” ва “Юриспруденция (иқтисодий хавфсизликни ҳуқуқий таъминлаш)” бакалавриат таълим йўналишлари бўйича бакалаврлар (ўқиш муддати – 4 йил) ҳамда “Божхона иши (фаолият турлари бўйича)”, “Солиқ ва божхона ҳуқуқи” мутахассисликлари бўйича магистрлар (ўқиш муддати – 1 йил) тайёрланади.